Adentrarse en el estudio de los santuarios mistéricos de la Grecia Clásica y Helenística, supone también hacerlo en la Arqueología del secreto, de los secretos (Blakely 2012), tanto en formas visuales como verbales. De ahí la sombra de penumbra que se proyecta sobre estos espacios sagrados de carácter iniciático.
Un caso extremo y bien conocido es el santuario de los Grandes Dioses en la isla de Samotracia, cercana a la costa tracia, donde tanto el mito como el rito (que dan sentido al témenos) permanecen oscuros y ambiguos. La tradición literaria, comenzando por Heródoto, insiste en la relevancia del culto a los Cabiros (Kabeiroi), démones divinos menos poderosos que los dioses olímpicos y muy presentes en otros cultos mistéricos del norte del Egeo (islas de Lemnos e Imbros), ligados a mitos ancestrales y a los poderes de la tierra e intermediarios entre lo humano y lo divino. Pero sus nombres en Samotracia no podían ser inscritos sobre la piedra ni seguramente tampoco pronunciados.
Los textos literarios - no así las inscriciones- nos hablan también de cómo en el ritual iniciático del santuario (que como en Eleusis contaba con dos grados, myesis y epopteia, este último más elevado) se utilizaban vocablos de origen tracio que remiten a la población prehelénica que habitaba la isla antes de la colonización griega, que tuvo (siglo VII a. C.).
Con relación a la opacidad que impregnaba el culto en Samotracia, cabe recordar la propia dedicación genérica del recinto sagrado a los Grandes Dioses (Ιερό των Μεγάλων Θεών), sin concretar en ningún caso el nombre de las divinidades. Además el término sólo aparece en inscripciones votivas realizadas por los dinastas helenísticos (Cole 1984) en tiempos de apogeo del santuario, como la que figuraba en el epistilo del célebre Arsinoeion. De otra parte, en el recinto nunca existió un templo convencional destinado a una determinada divinidad olímpica. Ni tan siquiera el Hierón, cuya columnata dórica ha sido parcialmente reconstruida, puede ser calificado de templo en sentido estricto.
Salvo en construcciones como el teatro, la gran estoa, la estructura radial hípetra y con gradas a la entrada del santuario (seguramete destinada a la recepción de los mystoi) o el suntuoso propileo erigido por Ptolomeo II, acceso puente al témenos, la función iniciática especifica de los edificios sagrados permanece incierta. Tanto la del Hierón como la del Anaktoron o la de la mencionada rotonda de Arsínoe II.
El itinerario que seguían los mystoi tampoco puede precisarse con entera seguridad, aunque el recorrido debió tener particular relevancia ritual. También la poseyeron las libaciones y la quema de ofrendas (prácticas sacrificiales de carácter ctónico para las que respectivamente se utilizó el bothros y la eschára, muy presentes en el santuario). En el rito, al menos en época tardía, los anillos imanes de hierro parecen haber tenido relevancia esotérica. Y cabe suponer, como en Eleusis, la existencia de performances sagradas, escenificaciones seguramente en parte nocturnas y selladas por el secreto.
